月額プラン購読期間が残っているときに年額プランへ変更しても、お支払い期間が重複することはありません

月額プランを購読中に、お支払いプランの変更(月額プラン→年額プラン)を行い、年額プランへ変更したときに引き落とされる金額は、日割り計算がされたものになります。

たとえば…
月額プランを購読中
毎月1日がお引き落とし日
5日に月額プランから年額プランへ変更したとき
月額プランがまだ25日分残っている

上記例の場合は、年額プランの料金から、残っている月額プランの購読期間を考慮した金額が差し引かれて請求されます。